Harry Potter è ormai il simbolo della speranza del mondo magico di fronte all'avanzata di Voldemort e dei suoi Mangiamorte. I membri dell'Ordine della Fenice organizzano il suo trasporto verso un luogo sicuro, la Tana, ossia la casa della famiglia Weasley, ma il gruppo viene attaccato, con la perdita di Edvige e Malocchio Moody. Il nuovo Ministro della Magia Rufus Scrimgeour rivela a Harry, Ron ed Hermione l'eredità di Silente: al primo il mago lascia il boccino d'oro (quello che Harry aveva quasi inghiottito nella sua prima partita di Quidditch) e la spada di Grifondoro, al momento però scomparsa; al secondo il deluminatore inventato da Silente stesso e alla ragazza il libro Le fiabe di Beda il Bardo. In seguito il Ministero cade, i Mangiamorte attaccano la Tana e i tre ragazzi si smaterializzano a Londra, iniziando le ricerche del punto debole di Voldemort, gli Horcrux, oggetti nei quali il Signore Oscuro ha racchiuso la sua stessa anima.
A Grimmauld Place i tre apprendono dall'elfo domestico Kreacher che il primo Horcrux è un medaglione sottratto a Voldemort da Regulus Black, ex Mangiamorte e fratello di Sirius. Travestiti da impiegati, penetrano allora all'interno del Ministero della Magia e riescono a rubarlo a Dolores Umbridge, ma non sanno come distruggerlo. L'oggetto corrode l'animo di chi lo indossa, e provoca un litigio tra i ragazzi, con Ron che si allontana da loro, geloso dal rapporto tra Harry ed Hermione. Questi ultimi proseguono le ricerche a Godric's Hollow, luogo di nascita di Harry e dimora di Bathilda Bath e della famiglia Silente. La donna è forse a conoscenza di informazioni su Albus, e infatti compare alla presenza di Harry ed Hermione, ma in realtà si rivela essere Nagini, fidato serpente di Voldemort, e tenta di ucciderli; i due si salvano, fuggendo ancora. Nel frattempo Hermione identifica alcune delle visioni di Harry: Voldemort è alla ricerca di una potente bacchetta, rubata da Gellert Grindelwald al fabbricante di bacchette Gregorovich.
Una notte Harry segue un incanto patronus (una cerva) e ritrova la spada di Grifondoro in un laghetto ghiacciato. Qui Harry tenta di prenderla ma durante l'immersione viene quasi strangolato dal medaglione, così arriva Ron che salva l'amico e recupera la spada, e grazie ad essa riescono a distruggere il medaglione. Riappacificati, i tre si recano da Xenophilius Lovegood, padre della loro compagna Luna, per avere informazioni su un misterioso simbolo. Qui il signor Lovegood rivela ai tre ragazzi la storia dei Doni della Morte, ossia della potente bacchetta di Sambuco, della pietra della resurrezione e del mantello dell'invisibilità. In quel momento i Mangiamorte attaccano casa Lovegood e i tre scappano ancora, ma vengono poi catturati dai ghermidori e condotti nei sotterranei di Villa Malfoy, dove ritrovano Luna e Olivander. Bellatrix Lestrange inizia a torturare Hermione per sapere come facevano ad avere la spada, perché la Mangiamorte pensa si trovi nella sua camera blindata alla Gringott, ma interviene Dobby smaterializzando i prigionieri al sicuro, a Villa Conchiglia, sebbene l'elfo venga ferito a morte da Bellatrix. Mentre Harry, Ron ed Hermione seppelliscono l'amico, Voldemort profana la tomba di Silente, entrando in possesso della bacchetta di Sambuco, che l'ormai defunto preside di Hogwarts aveva vinto a Grindewald quando aveva sconfitto quest'ultimo, divenendone il nuovo padrone.
Differenze rispetto al romanzo Nella trasposizione cinematografica, molte scene e situazioni presenti del romanzo sono state eliminate, modificate, o rappresentate in maniera più sintetica. Il regista David Yates ha inoltre inserito alcuni particolari non presenti nel volume, come un campeggio babbano distrutto dai Mangiamorte, con l’intento di mostrare che nel mondo magico c’è una guerra in corso sebbene non venga mostrata[118], e una scena in cui Harry ed Hermione ballano insieme nella tenda, sequenza definita «impagabile» e «tenera» da David Yates[254].
Le differenze tra il romanzo e la versione cinematografica sono: * all'inizio del film, quando Harry stringe la mano a Bill Weasley, sembra che lo veda per la prima volta in vita sua, quando in realtà, nei libri, l'ha già conosciuto tre anni prima, alla Coppa del Mondo di Quidditch; la stessa cosa vale per Mundungus Fletcher che incontra Harry all'inizio del quinto libro; * nel film Harry e Ginny si baciano in cucina e vengono interrotti da George, mentre nel libro si baciano in una piccola stanza e vangono interrotti da Ron e Hermione; * nel film si vede più volte Harry che guarda uno specchio rotto; per chi non ha letto i libri è difficile capire da dove provenga quell'oggetto, regalatogli da Sirius Black poco prima di morire; * nel romanzo, durante il matrimonio di Bill e Fleur, grazie alla pozione polisucco, Harry prende le sembianze di un babbano con i capelli rossi facendo credere che il suo nome sia Barney Weasley nella speranza di confondersi tra la moltitudine dei Weasley presenti al matrimonio di Bill e Fleur; nel film, invece, Harry non cambia il suo aspetto; * viene spiegato nel romanzo che il nome di Voldemort era stato incantato facendolo diventare Tabù, e chi lo avesse pronunciato sarebbe stato individuato dai Ghermidori: è così che Harry, Ron e Hermione vengono catturati da Fenrir Greyback; nel film, invece, la scena della cattura è molto più semplificata; * Edvige nel romanzo viene uccisa quando si trova all'interno della gabbietta, mentre nel film viene uccisa quando è in volo intenta a proteggere Harry: è così che nella pellicola i Mangiamorte e Voldemort riconoscono Harry; invece, nel libro Harry viene riconosciuto perché lancia un Expelliarmus, ossia l'incantesimo preferito del suo repertorio, rinunciando a "Schiantare" con l'incantesimo Stupeficium Stan Picchetto, perché sotto l'effetto della Maledizione Imperius; * il compleanno di Harry sarebbe stato il giorno prima del matrimonio con tanto di torta e decorazioni, mentre nel film Hermione dice che avrebbero festeggiato il compleanno di Harry subito dopo la fine della cena del matrimonio; * Voldemort nel romanzo viene fermato dalle protezioni inserite intorno alla casa dei genitori di Tonks, meta di Harry ed Hagrid, mentre nel film si arresta furioso non appena la bacchetta di Lucius Malfoy si rompe; * Harry non si guadagna la fiducia dell'elfo domestico Kreacher per avergli regalato il falso medaglione rubato da Regulus Arcturus Black e nemmeno viene spiegato per quale ragione l'elfo gli obbedisca: nel libro è chiarito che Kreacher è costretto ad obbedire a Harry in quanto ormai passato in sua proprietà dopo la morte di Sirius Black; * nel romanzo Harry entra nella Sala degli interrogatori del Ministero coperto dal Mantello dell'invisibilità e schianta da dietro la Umbridge, dopo che lei si è vantata di parentele "ariane" che sarebbero testimoniate dall'iniziale "S" sul medaglione e non si ritrasforma in Harry mentre è al Ministero. Nel film entra nella sala come Albert Runcorn e schianta la Umbridge mentre si sta ritrasformando. Inoltre nel romanzo Hermione riproduce un doppione del medaglione tramite l'incantesimo "Geminio" per evitare che la Umbrige sospetti che le sia stato rubato. * nel romanzo Hermione spiega come distruggere il medaglione poiché l'anno precedente aveva preso dall'ufficio di Silente un libro che parlava degli Horcrux; nel film i ragazzi invece non hanno idea di come fare per distruggerlo; * nel romanzo è solamente Kreacher a recuperare Mundungus, mentre nel film viene trasportato anche da Dobby; * Peter Minus non muore strangolato dalla sua stessa mano (controllata da Voldemort) per aver provato pietà per Harry) come nel libro, ma viene semplicemente Schiantato da Dobby durante la fuga da Villa Malfoy; * mentre Hermione viene torturata, sul suo braccio appare scritto "Mudblood" (che significa mezzosangue, cioè figlia di babbani), una ferita infertale da Bellatrix Lestrange, mentre nel romanzo la Mangiamorte usa la maledizione Cruciatus sulla ragazza, per svariate ore in cui la interroga pretendendo di sapere dove i tre hanno preso la spada di Grifondoro. Prima di cominciare l'interrogatorio, la prende a calci e la trascina per i capelli e, alla fine, vorrebbe darla in pasto a Fenrir Greyback. Poi interviene Dobby a salvare la situazione. * Nel film Bellatrix tiene Hermione in ostaggio, puntandole il coltello d'argento alla gola e quando il lampadario minaccia di caderle addosso la lascia inspiegabilmente, spingendola in avanti e lei finisce tra le braccia di Ron. Nel romanzo, invece, Bellatrix spinge deliberatamente Hermione sotto il lampadario che, dunque, le cade addosso. * Eliminata è anche la parte in cui Hermione prende il ritratto di Phineas Nigellus Black dalla parete in camera di Harry e Ron e lo infila nella borsetta (atto che avrà un ruolo chiave nella scoperta di informazioni preziose riguardo alla Spada di Grifondoro). * Durante il trasferimento di Harry da Privet Drive alla Tana (scena dei sette Potter), il vero Harry è in volo con Hagrid. Durante la fuga, incontra Voldemort che tenta di ucciderlo con la bacchetta di Lucius Malfoy, ma per qualche strana ragione la bacchetta di Harry si difende da sola, spezzando quella di Lucius. Inoltre Harry finisce, per ragioni di sicurezza, a casa dei genitori di Ninfadora Tonks che provvederanno alla cura di Hagrid, mentre Harry raggiungerà, tramite passaporta, la tana solo dopo aver dirottato a casa Tonks. Tale scena è stata del tutto esclusa nel film. * Come totalmente è esclusa la scena del litigio tra Remus Lupin e Harry avvenuta a Grimmuald Place in occasione della proposta del licantropo a seguire il trio nella missione affidata ad Harry da Silente. Il licantropo (nel libro) decide di voler seguire Harry, Ron ed Hermione, abbandonando Tonks incinta per paura di averla fatta diventare una reietta e di aver trasmesso la licantropia al figlio. * Nella pellicola vengono omesse le apparizioni dei personaggi di Viktor Krum (durante il matrimonio alla Tana), di Vincent Tiger (eliminato dalla sceneggiatura dopo alcune vicende giudiziarie che hanno coinvolto l'attore Jamie Waylett) e di Charlie Weasley (che tra l'altro annuncia che il drago Norberto di Hagrid sia femmina). Non sono inoltre presenti le sequenze del demone travestito da Ron Weasley alla Tana, della conversazione tra Arthur Weasley e suo figlio Ron travestito al Ministero, del litigio tra Harry e Lupin, insicuro della maternità a Grimmauld Place, della lettera di Lily Evans ritrovata successivamente da suo figlio Harry all'interno della camera da letto di Sirius, delle discussioni tra Harry, Ron ed Herminione riguardo all'incertezze di Harry nel ricercare i Doni della Morte oppure gli Horcrux.
